Quy định phạt chậm nộp thuế 2025 và những điều cần lưu ý

Phạt chậm nộp thuế là vấn đề quan trọng mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý để tránh bị xử phạt tài chính và ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh. Năm 2025, quy định về phạt chậm nộp thuế có những điểm cần phải hiểu rõ để đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ đầy đủ các quy định của pháp luật. Việc nắm vững thời hạn và tỷ lệ phạt chậm nộp thuế sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro tài chính và vận hành suôn sẻ hơn.

1. Các trường hợp bị phạt chậm nộp thuế

Căn cứ vào Khoản 1 Điều 59 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp thuế được quy định như sau:

• Chậm nộp thuế: Người nộp thuế sẽ bị phạt nếu không nộp thuế đúng hạn theo thời gian quy định, thời gian gia hạn nộp thuế, hoặc theo thời gian ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế hoặc quyết định ấn định thuế từ cơ quan này.
• Khai bổ sung làm tăng số tiền thuế phải nộp: Khi người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế dẫn đến tăng số tiền thuế phải nộp hoặc khi cơ quan thuế phát hiện thiếu sót về số tiền thuế phải nộp trong quá trình kiểm tra hoặc thanh tra, sẽ phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế tăng thêm, tính từ ngày sau ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế hoặc từ ngày hết hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu.
• Khai bổ sung làm giảm số tiền thuế đã hoàn trả: Nếu người nộp thuế khai bổ sung làm giảm số tiền thuế đã được hoàn trả hoặc nếu cơ quan thuế phát hiện số tiền thuế đã hoàn nhỏ hơn số tiền thực tế đã hoàn, thì phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế đã hoàn trả và phải thu hồi, tính từ ngày nhận tiền hoàn trả từ ngân sách nhà nước.
• Nộp dần tiền thuế nợ: Trong trường hợp người nộp thuế được phép nộp dần tiền thuế nợ, theo quy định tại Khoản 5 Điều 124 Luật Quản lý thuế 2019.
• Truy thu thuế: Người nộp thuế không bị xử phạt hành chính do hết thời hiệu xử phạt, nhưng vẫn bị truy thu số tiền thuế thiếu theo quy định tại Khoản 3 Điều 137 Luật Quản lý thuế 2019.
• Vi phạm hành vi thuế không bị xử phạt hành chính: Trong trường hợp người nộp thuế không bị xử phạt hành chính về các hành vi quy định tại Khoản 3 và Khoản 4 Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019.
• Chậm chuyển tiền thuế vào ngân sách nhà nước: Cơ quan hoặc tổ chức được cơ quan thuế ủy nhiệm thu thuế mà chậm chuyển tiền thuế, tiền chậm nộp, và tiền phạt vào ngân sách nhà nước sẽ phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền chậm chuyển theo quy định.

>>> Đọc thêm: Hạch toán tiền chậm nộp thuế theo đúng quy định

2. Cách tính tiền phạt chậm nộp thuế và ví dụ

Căn cứ theo Khoản 2 Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 được sửa đổi bởi khoản 7 Điều 6, Luật số 56/2024/QH15, mức nộp tiền chậm nộp tiền thuế và tiền phạt vi phạm hành chính về thuế được tính như sau:

• Thời gian tính tiền chậm nộp: Tiền chậm nộp được tính liên tục từ ngày sau ngày hết hạn nộp thuế, hết thời gian gia hạn nộp thuế, hoặc hết thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan thuế, đến ngày trước ngày số tiền nợ thuế hoặc tiền phạt vi phạm hành chính về thuế được nộp vào ngân sách nhà nước.
• Mức tiền phạt chậm nộp trong 01 ngày được tính bằng công thức:

>>> Đọc thêm: Hạch toán tiền chậm nộp thuế theo đúng quy định

Ví dụ minh họa cách tính tiền chậm nộp các loại thuế thường gặp

Ví dụ 1: Cách tính tiền chậm nộp lệ phí môn bài

Tại Công ty TNHH SX và TM Hùng Tiến thành lập năm 2021, có số vốn vốn điều lệ đăng ký kinh doanh là 20 tỷ đồng. Theo quy định tại Điều 4, Nghị định 139/2016/NĐ-CP thì Công ty TNHH SX và TM Hùng Tiến sẽ phải nộp 3 triệu đồng tiền lệ phí môn bài thuộc bậc 1. Tuy nhiên đến ngày 30/01/2025, công ty vẫn chưa nộp khoản tiền này vào ngân sách nhà nước. Ngày 08/02/2025 Công ty Hùng Tiến mới nộp đi nộp số tiền lệ phí môn bài 3 triệu đồng của năm 2025 vào kho bạc nhà nước. Câu hỏi đặt ra là công ty có bị phạt trong trường hợp này hay không và nếu có bị phạt thì mức phạt là bao nhiêu?

Đáp án:

Công ty Hùng Tiến trong trong trường hợp này có bị xử phạt và mức phạt được tính trên số tiền nộp chậm. Mức phạt chậm nộp là 0,03%/ngày.

Đầu tiên cần xác định chính xác số ngày công ty đã nộp chậm:

• Thời hạn nộp lệ phí môn bài năm 2025 chậm nhất là ngày 30/01/2025.  Ngày tiếp theo ngày phát sinh tiền chậm nộp sẽ được tính từ ngày 31/01/2025 trở đi.
• Ngày công ty đi nộp thực tế vào ngân sách là ngày 08/02/2025. Ngày liền kề trước ngày công ty đi nộp sẽ là ngày 07/02/2025.
• Số tiền lệ phí môn bài bị tính chậm nộp là: 3.000.000đ

Từ đó chúng ta xác định được số ngày chậm nộp là:

=  (07/02) – (31/05) + 1 = 08 (ngày chậm nộp).

Tính số tiền phạt chậm nộp lệ phí môn bài là:

= 3.000.000 x 8 x 0,03% =7.200 (đ)

Ví dụ 2: Cách tính tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng

Tại Công ty cổ phần SX và XD Hùng Nam kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có phát sinh số thuế GTGT phải nộp trên tờ khai quý 4 năm 2021 là 100.000.000đ (Chỉ tiêu 40 trên tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 26/2015/TT-BTC là 100.000.000đ). Thời hạn nộp tiền thuế GTGT của quý 4/2021 là ngày 31/01/2022. Tuy nhiên đến ngày 16/02/2022, công ty Hùng Nam mới đi nộp số tiền thuế GTGT này. Hỏi công ty Hùng Nam có bị phạt hay không và nếu có bị phạt thì mức phạt là bao nhiêu?

Đáp án:

Công ty Hùng Nam trong trong trường hợp này có bị xử phạt và mức phạt được tính trên số tiền nộp chậm tiền thuế GTGT quý 4/2021. Mức phạt chậm nộp là 0,03%/ngày.

Chúng ta cần xác định chính xác số ngày công ty đã nộp chậm tiền thuế GTGT quý 4/2021 trước khi đi tính số tiền chậm nộp.

• Thời hạn nộp tiền thuế GTGT quý 4/2021 cũng là thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT quý 4/2021 là ngày 31/01/2022.
• Ngày tiếp theo ngày phát sinh tiền chậm nộp được tính từ ngày 01/02/2022 trở đi.
• Ngày công ty đi nộp thực tế vào ngân sách là ngày 16/02/2022.
• Số tiền thuế GTGT bị tính chậm nộp là: 100.000.000đ

=> Ngày liền kề trước ngày số tiền nợ thuế GTGT được nộp vào ngân sách sẽ là ngày 15/02/2022.
Từ đó chúng ta xác định được số ngày chậm nộp tiền thuế GTGT là:

= 15 – 01 + 1 = 15 (ngày chậm nộp)

Số tiền phạt chậm nộp thuế GTGT là:

= 100.000.000 x 15 x 0,03% = 450.000 (đ)

Ví dụ 3: Cách tính tiền phạt chậm nộp thuế thu nhập cá nhân

Tại Công ty cổ phần kiến trúc xây dựng Mạnh Hùng kê khai thuế GTGT và thuế TNCN theo tháng. Trong kỳ kê khai thuế tháng 1 năm 2022 có tờ khai khấu trừ thuế TNCN phát sinh số thuế TNCN của người lao động là 25.000.000đ (Chỉ tiêu 29 trên tờ khai khấu trừ thuế TNCN mẫu số 05/KK-TNCN ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC là 25.000.000đ). Thời hạn nộp tiền thuế TNCN của tháng 1 năm 2022 là ngày 20/02/2022. Tuy nhiên đến ngày 10/03/2022, công ty Mạnh Hùng mới đi nộp số tiền thuế TNCN này. Hỏi công ty Mạnh Hùng có bị phạt trong trường hợp này hay không và nếu có bị phạt thì mức phạt là bao nhiêu?

Đáp án:

Công ty Mạnh Hùng trong trong trường hợp này có bị xử phạt và mức phạt được tính trên số tiền nộp chậm tiền thuế TNCN của tháng 1 năm 2022. Mức phạt chậm nộp là 0,03%/ngày.

Trước tiên cần xác định đúng được số ngày công ty đã nộp chậm tiền thuế GTGT của tháng 1/2022 trước khi đi tính số tiền chậm nộp.

• Thời hạn nộp tiền thuế TNCN tháng 1/2022 cũng là thời hạn nộp tờ khai khấu trừ thuế TNCN tháng 1/2022 là ngày 20/02/2022. Tuy nhiên do ngày 20/02/2022 là trùng vào ngày nghỉ (ngày chủ nhật) nên thời hạn nộp tiền thuế TNCN sẽ được chuyển sang ngày làm việc tiếp theo là ngày 21/02/2022. Ngày tiếp theo ngày phát sinh tiền chậm nộp được tính từ ngày 22/02/2022 trở đi.
• Ngày công ty đi nộp thực tế vào ngân sách là ngày 10/03/2022.
• Ngày liền kề trước ngày số tiền nợ thuế TNCN được nộp vào ngân sách là ngày 09/03/2022.

=> Từ đó chúng ta xác định được số ngày chậm nộp tiền thuế TNCN là: 16 ngày chậm nộp.

Số tiền thuế TNCN bị tính chậm nộp theo ví dụ là: 25.000.000đ

=> Số tiền phạt chậm nộp thuế TNCN là:

= 25.000.000 x 16 x 0,03% = 120.000 (đ)

Ví dụ 4: Cách tính tiền phạt chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp

Trong bài này MISA AMIS xin đưa ra 1 ví dụ đơn giản về cách tính tiền phạt chậm nộp  thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

Giả sử tại Công ty TNHH Hòa Bình đã tạm nộp thuế TNDN trong năm đảm bảo theo quy định của luật thuế và còn lại 1 khoản nợ thuế TNDN sau khi quyết toán là 10.000.000đ. Mặc dù công ty biết đang nợ thuế và cũng mong muốn nộp thuế nhưng do ảnh hưởng của dịch bệnh COVID-19 nên tình hình kinh doanh gặp khó khăn, vì vậy phải đến 60 ngày sau thời hạn nộp tiền thuế TNDN của quyết toán năm công ty mới đi nộp số tiền thuế TNDN còn nợ trên vào kho bạc nhà nước. Hỏi trong trường hợp này công ty Hòa Bình có bị xử phạt hay không ? và nếu có thì mức phạt là bao nhiêu?

Đáp án:

Công ty Hòa Bình trong trong trường hợp này có bị xử phạt và mức phạt được tính trên số tiền nộp chậm tiền thuế TNDN còn thiếu. Mức phạt chậm nộp là 0,03%/ngày.

Số tiền phạt chậm nộp thuế TNDN là:

= 10.000.000  x 60 x 0,03% = 180.000 (đ)

3. Thời hạn nộp các loại thuế phí

Theo quy định của pháp luật hiện hành, thời hạn nộp thuế và phí có sự phân biệt rõ ràng đối với từng loại thuế, cụ thể như sau:

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) và Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

• Theo tháng: Doanh nghiệp, cá nhân nộp thuế GTGT và TNCN phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Theo quý: Trong trường hợp nộp thuế theo quý, thời hạn nộp thuế chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.

Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

• Tạm nộp thuế theo quý: Doanh nghiệp có nghĩa vụ tạm nộp thuế vào ngày 30 của tháng đầu quý sau.
• Quyết toán thuế năm: Đối với doanh nghiệp có năm tài chính kết thúc vào 31/12, thời hạn nộp thuế quyết toán là chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của năm dương lịch hoặc năm tài chính đối với hồ sơ khai thuế năm

Lệ phí môn bài

• Doanh nghiệp thành lập trong năm: Thời hạn nộp lệ phí môn bài là ngày 30/01 của năm liền kề năm thành lập.
• Doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh: Trong 3 năm đầu kể từ ngày nhận chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, doanh nghiệp được miễn nộp lệ phí môn bài. Trường hợp kết thúc thời gian miễn lệ phí môn bài trong thời gian 6 tháng đầu năm thì thời hạn nộp lệ phí môn bài chậm nhất là ngày 30 tháng 7 năm kết thúc thời gian miễn.
• Trường hợp kết thúc thời gian miễn lệ phí môn bài trong thời gian 6 tháng cuối năm thì thời hạn nộp lệ phí môn bài chậm nhất là ngày 30 tháng 01 năm liền kề năm kết thúc thời gian miễn.

Các loại thuế khác

• Thời hạn nộp thuế đối với dầu thô, thời hạn nộp thuế tài nguyên, thuế thu nhập doanh nghiệp theo lần xuất bán dầu thô là 35 ngày kể từ ngày xuất bán đối với dầu thô bán nội địa hoặc kể từ ngày thông quan hàng hóa theo quy định của pháp luật về hải quan đối với dầu thô xuất khẩu. (Chi tiết các loại thuế khác các bạn có thể xem thêm tại Điều 55, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản pháp luật có liên quan).

>>> Đọc thêm: Thuế nhà thầu là gì? Cách tính thuế nhà thầu nước ngoài chuẩn

Lưu ý: Căn cứ theo Điều 86, Thông tư số 80/2021/TT-BTC quy định về trường hợp này như sau: “Trường hợp thời hạn nộp thuế trùng với ngày nghỉ theo quy định thì thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, thời hạn nộp thuế được tính là ngày làm việc tiếp theo của ngày nghỉ đó theo quy định tại Bộ Luật dân sự.”

Chi tiết xem tại bài viết: Thời hạn nộp các loại thuế năm 2025 mới nhất

5. Những quy định về thứ tự thanh toán tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt

Căn cứ theo Điều 57, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định về thứ tự các khoản thanh toán nợ thuế, MISA AMIS xin tóm tắt nội dung quy định như sau:

Đối với các khoản nợ thuế được thanh toán theo thời hạn trước sau và thứ tự như sau:

Trong đó các khoản nợ thuế lại được sắp xếp theo thứ tự thanh toán như sau:

Như vậy thứ tự ưu tiên thanh toán các khoản nợ thuế sẽ được thực hiện theo thứ tự thanh toán các khoản nợ phát sinh trước thực hiện trước, các khoản phát sinh sau thực hiện sau, các khoản nằm trong diện cưỡng chế sẽ ưu tiên trước các khoản không cưỡng chế, tiền thuế phải nộp sẽ cần thanh toán trước các khoản tiền phạt và tiền chậm nộp.

Mặc dù, khoản tiền chậm nộp có thứ tự ưu tiên sau cùng, tuy nhiên, nếu để quá hạn chuyển thành tiền nợ thuế thuộc diện cưỡng chế thì cũng khiến doanh nghiệp gặp nhiều rủi ro và bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo quy định. Ngoài ra, việc nợ thuế kéo dài cũng làm giảm uy tín của doanh nghiệp. Do đó, doanh nghiệp cũng cần lưu ý đến vấn đề này để sắp xếp nguồn tài chính thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế.

6. Các trường hợp không tính hoặc được miễn tiền chậm nộp

Các trường hợp không tính tiền chậm nộp:

• Doanh nghiệp cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, bao gồm cả nhà thầu phụ được quy định trong hợp đồng ký với chủ đầu tư và được chủ đầu tư trực tiếp thanh toán nhưng chưa được thanh toán thì không phải nộp tiền chậm nộp. Số tiền nợ thuế không tính chậm nộp là tổng số tiền thuế còn nợ ngân sách nhà nước của người nộp thuế nhưng không vượt quá số tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán.
• Các trường hợp tại điểm b khoản 4 Điều 55 của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 như sau:“Thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa phải phân tích, giám định để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp; hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan; hàng hóa có khoản thực thanh toán, hàng hóa có các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan được thực hiện theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính”  thì không tính tiền chậm nộp trong thời gian chờ kết quả phân tích, giám định; trong thời gian chưa có giá chính thức; trong thời gian chưa xác định được khoản thực thanh toán, các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan. Chi tiết quy định này xem thêm tại Điều 7 Thông tư 06/2021/TT-BTC về hướng dẫn thi hành một số điều của luật quản lý thuế về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
• Chưa tính tiền chậm nộp đối với các trường hợp được khoanh nợ theo quy định tại Điều 83 của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.
• Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện số tiền thuế phải nộp giảm thì được điều chỉnh số tiền chậm nộp đã tính tương ứng với số tiền chênh lệch giảm.

Các trường hợp được miễn tiền chậm nộp:

Các doanh nghiệp phải nộp tiền chậm nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 sẽ được miễn tiền chậm nộp trong trường hợp bất khả kháng quy định tại khoản 27 Điều 3 của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Cụ thể có các trường hợp bất khả kháng như sau:

7. Phần mềm hỗ trợ kê khai thuế đúng hạn

Trong công tác kế toán, việc đảm bảo nộp thuế đúng hạn vào Ngân sách Nhà nước là một nhiệm vụ quan trọng của kế toán doanh nghiệp. Để hỗ trợ kế toán trong việc này, nhiều doanh nghiệp đã đầu tư sử dụng phần mềm kế toán, đặc biệt là các phần mềm kế toán thông minh.

Một trong những phần mềm đáng chú ý là phần mềm kế toán online MISA AMIS, đáp ứng đầy đủ các mẫu tờ khai thuế GTGT mới nhất và các tờ khai khác theo quy định tại Thông tư 80. Phần mềm này cung cấp các tính năng ưu việt, giúp tự động hóa công việc kê khai thuế, bao gồm:

• Tự động lập tờ khai theo mẫu biểu mới nhất.
• Tự động tổng hợp số liệu lên tờ khai, các phụ lục kèm theo và báo cáo thuế theo mẫu biểu mới nhất và theo phương pháp tính thuế mà doanh nghiệp đang sử dụng
• Nộp tờ khai, nộp thuế điện tử trực tiếp cho cơ quan thuế từ phần mềm
• Kiểm tra tình trạng hoạt động của khách hàng, nhà cung cấp
• Các tiện ích khác: tự động khấu trừ thuế, tự động hạch toán điều chỉnh thuế GTGT khi lập tờ khai….

Phần mềm kế toán online MISA AMIS với phân hệ thuế đáp ứng đầy đủ các nhu cầu của kế toán viên nói chung và kế toán thuế nói riêng, sẽ là giải pháp hoàn hảo cho nghiệp vụ thuế tại các doanh nghiệp

Kết luận

Để tránh bị phạt chậm nộp thuế, các doanh nghiệp cần theo dõi kỹ các thời hạn nộp thuế, đặc biệt là thuế GTGT, TNDN và TNCN, đồng thời tuân thủ các quy định khai bổ sung khi có sai sót. MISA AMIS hy vọng các bạn sẽ có thêm được những kiến thức bổ ích về các quy định và cách tính tiền chậm nộp các loại thuế thường gặp qua bài viết này.